いろいろ調べてみると、役所がちゃんとソフトウェアや書式を揃えてくれてるんだな・・・。

あたかも企業が販売している署名プログラムを使わないといけない、みたいなこと書いてあったり、書式も難しそうに書いてあるけど・・・。

申請書作成支援ソフトウェア（法務省）
http://shinsei.moj.go.jp/usage/zyunbi_shougyou.html

法務省オンライン申請システム
http://shinsei.moj.go.jp/index.html

ここにｐｄｆ署名プラグインもおいてある・・・。市販のものは２万もするんだよーー。
粘って探してよかったーーー。

http://shinsei.moj.go.jp/usage/zyunbi_PDF.html